击退反对党
19世纪70年代早期，日本人站在历史的十字路口。明治政权强制推行的革命清算预示着要粉碎传统的政治和社会秩序，把国家命运的控制权转移到新政府手中。同时，“五条誓文”对“破旧来之陋习”和“求知识于世界”的保证，表明历史变革的其他浪潮很快将席卷全国。对所有日本人来说，这些事件预示了不得不做出选择的革命时刻的到来：人民可以反对新政权对权力的诉求及其改革，或者，他们也可以同意抛弃过去，支持新的领导阶层，接受对他们生活及劳动环境的根本改造。到第一个十年末为止，绝大多数普通日本人都已断定，怀抱追求美好明天的“明治梦”对自己较为有利。不过，在达成这个一致看法之前，一些人对于把他们的命运交给连名字都相对不为人知的领导人感到犹豫不决，对于改革的方向还心怀疑虑，他们选择了与新政权作对，拒绝遵守法律、纳税或者战斗。
在少数地区，拒不顺从的农民激烈反对解散当地官吏的计划、对税收制度的改革和征兵制的实行。例如，1871年在冈山，3000多个村民向城堡小镇进发，要求实行减税，让过去待他们很好的藩主复职；在山形县，民众举行示威，呈递请愿书，到东京上访，对明治政府的代表进行人身攻击。所有这一切都是为了反对新县令的任命，以及新县令对附加税的强行征收。1873年至1876年间，东京政府决心消除税率的地区差异，结果却增加了一些村民的实物税负担，农民反对新地租的暴动达到了顶峰。另一些农户最嘲弄的则是所谓的“血税”，政府法令在宣布男子有服兵役的义务时，用了这个不恰当的词来表示作为公民的士兵应该时刻准备为保卫国家做最后的牺牲，然而一些农户却从字面来理解这个词语。1873年春夏两季爆发的反对征兵的抗议活动不止16次。当时谣言四起，说带着巨大玻璃瓶的人在乡村游荡，从那些应该当兵的人身上抽血。最后，明治政权改变了又打又拉的政策，通过更清楚地解释自己的目的、1877年把地租降低近20%，以及必要时派警察弹压抗议活动等方式，熬过了农村中的反对浪潮的冲击。
对明治新政府来说，更棘手的是大规模的士族暴乱。新政权剥夺武士阶层传统特权的计划，遭到了许多集团的非难；但是驱使一些武士参与反对新政权的政变的，却是1873年太政官否决了非同寻常的“征韩”建议。在1869年至1873年间，日本曾屡次要求朝鲜正式承认明治政府，但朝鲜政府没有答应，这在很大程度上是因为“隐士之国”不希望危害到中国和它之间传统的主从关系。那些古老的外交协议要求朝鲜定期派遣使者到北京，在那里他们要以卑躬屈膝向中国皇帝磕头的方式承认中国在文化和政治上的宗主权。作为回报，中国政府则赐予朝鲜国王荣誉封号，允诺加以军事保护，并在礼节性地以厚礼答谢朝鲜的上贡之外，准许朝鲜商人开展虽然有限却非常有利可图的贸易。鉴于这个传统，1873年时朝鲜不想猝然改变和日本的关系，因为中国有可能为自己在亚洲大陆的作用减弱而感到不快，由此收起保护伞，让朝鲜独自面对19世纪70年代的无常局势。
西乡隆盛作为1868年的英雄之一，声望无与伦比，他认为朝鲜的回绝是对日本天皇及其国务大臣的严重侮辱。1873年，他领导了一个从太政官内部分裂出来的要求征讨朝鲜的小团体。西乡隆盛的信件和其他著述给人留下的印象是，他是个沉默寡言的，倾向于用简单和绝对的字眼来描述世界的人。作为一个坚定地信其所信的人，西乡隆盛谴责朝鲜朝廷缺乏“美德”，正如当东京的同僚建议取消武士一贯的特权和责任时，他谴责他们“道德腐化”一样。19世纪60年代时，这位萨摩武士竭尽其力去推翻德川幕府，但从来没有想过武士本身也会被抛进历史的垃圾堆。在反复考虑了这个问题之后，西乡隆盛开始把入侵朝鲜半岛视为释放被挫伤的武士雄心和精力的出口、使大久保利通等似乎一心想压制武士阶层的领导丢脸的方法，以及恢复武士将来在明治政府内地位的机会。受到这种想法的驱使，并本着对这种狂热行为的奉献精神，他甚至提议亲自出使朝鲜，他相信自己会在朝鲜遭到暗杀。这样就可以为日本的军事远征提供方便的借口。
对几位政要而言，西乡隆盛的诡计不在考虑的范围之内。大久保利通在东京极力游说太政官成员，认为日本在卷入国外阴谋之前，必须先打好国家的实力基础。四年后即因病过早逝世的木户孝允，此时也在病床上写下了强调同样观点的条陈。他认为日本的“财富和实力还不发达”，国家“缺乏文明”，处于这种可悲的境地，国家领导人应该优先“处理财政和经济”事宜；同时他审慎地指出日本人应该“留心自己的事务”，推动革命政府，而不是在海外玩弄危险的诡计，拿日本的未来去冒险。1873年10月（公历），年轻的天皇和岩仓具视进行了一场决定性的会谈，同意主和派的观点后，这件事才得以解决。
朝鲜事件使日本统治阶级的联盟出现了一道裂缝。就在天皇做出决定后的几天内，西乡隆盛和征韩派的其他成员辞去政府职位，回到家乡。结果日本的统治集团缩小了，岩仓具视、大久保利通、伊藤博文、山县有朋、木户孝允和松方正义崛起为执政团的首要成员，而且在他们的余生对日本重要政策的制定发挥了决定性的影响。19世纪七八十年代，这些人共同规定了如何改变国家的日程，把日本的精力和资源集中于以实现繁荣富强、和西方平起平坐、防御帝国主义掠夺者等为目标的国内改革上。但是，在他们完成明治政府的清算，转向图谋未来之变的计划之前，执政者们不得不对付1873年愤怒地离开东京的那些人发动的叛乱。
首先起兵的是江藤新平，一个曾经努力改革日本法律制度的太政官要员。大久保利通及其支持者否定了“征韩”的提议后，江藤新平辞掉了司法卿的职务，回到家乡——从原来的肥前藩划分出来的佐贺县。对那些不满太政官的和平政策，不满太政官取消武士阶层企图的前武士来说，江藤新平就像一根天然的避雷针。江藤新平起先致力于用国家立法机关来取代太政官，因为他的努力毫无结果，所以他把大约3000名持不同政见的武士召集在他的周围，并于1874年2月（公历）袭击了银行和官署。大久保利通亲自率领远征军，很快平定了“佐贺之乱”。江藤新平本人设法逃跑，但是大久保利通的军队跟踪追击，把他逼回到佐贺。两个月后，政府将江藤新平枭首示众，以此威慑其他想造反的人。
明治政府迅速镇压了1876年在日本西部爆发的一系列狂热却彼此孤立的士族暴乱。随后，西乡隆盛领导反对者发动了对新政权来说最严重的叛乱。1873年，西乡隆盛离开首都回到老家鹿儿岛，陪伴他的有数百名脱离了近卫军和京城警察机关的人。在前萨摩藩的鹿儿岛，他以从前为皇室效劳而得的“赏典禄”为生，但他完全抛开了政治，愉快地过起了乡绅的生活，耕作、打猎、垂钓，和心爱的狗一起在乡间漫步。这种乡村生活远离了他所谓的东京腐败政治的一切，带给他许多欢乐，对此他表达得饶有诗意：“自古以来，灾难即为世俗声名的惯常代价。既如此，肩荷铁铲，穿过森林回家比之更好。”
尽管西乡隆盛渴望恬然地退出政治漩涡，但是19世纪70年代的鹿儿岛县却充满了愤怒的年轻武士，他们觉得自己被明治政府出卖了，视西乡隆盛为他们的英雄和救星。西乡隆盛不能完全不受他们的影响。1874年，他拿出一部分年俸促成了“私学校”体系的建立，希望能对那些愁闷的年轻人进行一些纪律和道德的训练。学校另外的资金出自县里的官吏，他们鼓吹地方自治，指责太政官不断把决定权集中在自己手中，制定政策时忽略地方的要求。到1876年，由县城鹿儿岛的步兵学校、炮兵学校和所有农村地区的分校组成的私学校体系已经吸收了几千名学生。武士子弟在校学习一些中国的传统典籍，但是大部分时间则用来学习如何强身健体和军事战术。
之后不到一年，这些学生就使不太情愿的西乡隆盛卷入一场暴乱。1876年后期，起了疑心的东京政府派出暗探到鹿儿岛搜集有关私学校的情报。几周内学生们就把暗探揪了出来，并把其中一人拷打成招，说中央权力机构正计划解散私学校，谋杀西乡隆盛。这些学生不管逼迫下的招供是否可信，就预先为将来的行动做好了准备。1877年1月下旬（公历），他们获悉东京官员打算派船把军火转移到大阪的仓库之后，袭击了鹿儿岛政府弹药库，并非法运走了弹药库中的武器和弹药。
那时西乡隆盛正在外打猎，但他一得知袭击弹药库的事情就急忙赶回鹿儿岛，为学生冲动的行为对他们大发雷霆。西乡身材匀称，个子比一般日本人高，头又大又圆，与此相称，腰身也粗壮。他动辄发怒也给人们留下了很深的印象。不过他的脾气发作通常是短暂的，所以他很快就原谅了那些学生，顺从不可避免的命运。但是，他的老同僚，甚至如大久保利通等萨摩人，永远不会原谅那些学生对政府弹药库的袭击。东京政府断定这是公开的叛乱行为，确定采取报复行动。作为鹿儿岛私学校体系的创始人，西乡隆盛这位日益苍老的老兵自然认为自己应该为学生的命运负责，后者已糊里糊涂地陷入了他们无望抽身而出的困境。但更危险的是，西乡隆盛长期以来对政府政策的不满暗示1877年是捍卫个人身份、武士精神和遭受无情攻击的即将消失的传统生活方式的最后时机。西乡隆盛断定，除了揭竿而起没有别的选择。他唯一关心的是要澄清一点：他并没有对天皇不忠。他写道，罪犯是他以前的朋友和同僚，他们是“天地间之大罪犯”，欺骗、误导了天皇，因此应该被免职。
现在西乡隆盛主意已定，他迅速调动军队，2月15日（公历）晨叛军从鹿儿岛开拔。神奇的是，一场罕见的暴风雪席卷了城市，使人回想起日本历史上另一个重要的日子。那天志士们砍掉了井伊直弼的头，开始推翻一个腐败的政权。一周之后，在前往九州的中途，西乡军遭遇了他们的第一个障碍，即驻扎在熊本城的政府征募的士兵。西乡隆盛组织武士一次又一次地向守城的4000名士兵发动进攻，但使他吃惊和懊恼的是，农民和商人出身的政府驻军竟然坚守阵地，抵挡住了武士的进攻。熊本的攻防战还在继续，政府又急派另外的部队向九州进发。3月，等到大约3万名士兵可以调用时，大久保利通下令全面反攻，迫使人数最多时达3万人的西乡军，一路血战退回到鹿儿岛。
9月，西乡隆盛和几百名还留在他身边的人躲进鹿儿岛以北的山地。9月23日，政府军指挥官山县有朋写信给西乡隆盛，恳求他放下武器。山县有朋使用的是老朋友之间的亲密言辞，在信中他表达了对西乡隆盛行为的“怜悯”和“同情的理解”。尽管如此，他接着说，显然“萨摩人无望达到目标”，现在应该结束这种朋友相斗、同胞相残的“悲惨情形”。西乡隆盛沉默无语地看完来信，未做任何答复。次日晨，山县有朋发动进攻，战斗中，一颗子弹射中了西乡。据官方的验尸报告说，这颗子弹射中了他的右臀并穿过骨盆嵌进他左边的大腿骨。这种战场上受的外伤可能会使人昏厥甚至立即死亡，但是围绕着西乡之死产生了更浪漫的传说。根据歌颂英雄的新说法，西乡隆盛被子弹射中后，稍作镇定，面朝遥远的皇宫，拔剑切腹自杀了。政府招募的军队获胜了，“萨摩之乱”结束。
西乡隆盛的叛乱是武士阶级最后的抗争。次年5月（公历）一个春天的早晨，人们听见了他们发出的死亡之声。当时，大久保利通正前去参加在皇宫举行的会议，一些前武士和他搭话。就在离18年前井伊直弼丧生处几步之遥的地方，6名刺客把大久保利通从马车里拖出来刺死。在对他们的审讯中，他们控告大久保利通擅自发布律法，胡乱处理对外关系，结果损害了日本的国家荣誉——这是以前井伊直弼也曾面对的罪状。然而，尽管1860年标志着反抗的开始，1877年和1878年却代表了革命时期的结束。在这两年里，发生了对政府要员的最后一次暗杀，发生了用武力推翻新政府的最后一次危险企图。这些事件的解决使明治政府的执政团可以自由追求对未来的梦想，而无须担心保守的顽固分子持续激烈的反抗。